W Estonii do roku 2002 obowiązywały regulacje sowieckiej medycyny. Ustawa o Prawie Zobowiązań 2001 określiła prawa i obowiązki pacjentów. Praktyka medyczna w Estonii poddana jest szerokim regulacjom prawnym. Pacjent w Estonii ma wyraźne prawo do wydania świadomej zgody na świadczenie w stosunku do niego usług medycznych.

Prawo to na początku spotkało się z niechęcią lekarzy. Po wprowadzeniu nowej ustawy lekarz musi powiadomić pacjenta o jego stanie zdrowia, o wynikach jego badań, chorobach i ryzyku z nimi związanym. Rozporządzenie nr 144 w sprawie zapewnienia jakości usług medycznych wymaga zgody pacjenta na piśmie w przypadku procedur, które mogą nieść za sobą jakieś ryzyko.

Taką zgodę może również podpisać osoba bliska. W przypadku gdy pacjent jest nieprzytomny, a jego przedstawiciel ustawowy jest nieosiągalny lub nie można się z nim skontaktować, wtedy świadczenie usług zdrowotnych może odbyć się bez jego zgody. Osoby małoletnie również mają prawo do świadomego wyrażenia zgody na świadczenie im usług opieki zdrowotnej. Pacjent ma prawo dostępu do akt medycznych.

Dokumentacja zawierająca informacje o stanie zdrowia pacjenta powinna być zachowywana przez dostawcę usług zdrowotnych, jednakże nie ma rozporządzenia, które by odnosiło się do treści zapisu. Dane osobowe chroni Ustawa o Ochronie Danych Osobowych z roku 2003 i mogą być one przetwarzane tylko za zgodą pacjenta. Lekarz jest zobowiązany do przestrzegania tajemnicy lekarskiej. Określa to Estoński kodeks karny. Tajemnica lekarska obejmuje również tożsamość pacjenta i jego stan zdrowia oraz zapewnia niedostępność dokumentacji medycznej osobom trzecim, niezwiązanym z pacjentem lub wykonywanymi w stosunku do niego usługami medycznymi.

Pacjent może wyrazić zgodę na to czy chce, aby osoba trzecia towarzyszyła mu w czasie świadczenia usług opieki zdrowotnej. Skargi pacjentów oraz kwestia odszkodowań za poniesione szkody w trakcie pobierania usług opieki zdrowotnej są rozpatrywane przez organ sądowniczy. Jednakże koszty procesów są dość duży i trzeba długo czekać na rezultaty. Dlatego też nie ma zbyt wiele przypadków wniesienia postępowania sądowego w sprawie nadużyć lekarskich. W Estonii obowiązuje Estoński Fundusz Ubezpieczenia Zdrowotnego (Eesti Haigekassa). Tak jak w innych państwach, w celu leczenia szpitalnego lub specjalistycznego należy udać się po skierowanie do lekarza ogólnego.

Dzieci do 19 roku życia zwolnione są z opłat za hospitalizację. W innym przypadku hospitalizacja jest płatna, tak samo jak korzystanie z usług specjalistycznych. Refundacja leków jest możliwa tylko w przypadku gdy dany wyrób medyczny znajduje się na liście Estońskiego Funduszu Ubezpieczenia Zdrowotnego.